La Msu non ebbe compiti statici e rese sicuro il territorio con una attività di ricerca informativa, pattugliamento e controllo; quando fu necessario, fece da supporto per il controllo del traffico. In sostanza ebbe complessivamente gli stessi compiti che l'omologa Unità schierata in Bosnia, ad eccezione di quelli di ordine pubblico e pubblica sicurezza. È opportuno ricordare, per meglio comprenderne la caratteristica, che questa Unità non doveva essere messa a presidio di installazioni militari o civili, perché era una Unità Specializzata, con una base professionale ed esperienze di alto profilo, che non poteva operare a livelli inferiori al Plotone (21 persone e 4 veicoli). Doveva avere la più ampia possibilità di ottenere informazioni per la conoscenza del territorio, per controllare l'area di propria responsabilità e garantire la sicurezza delle altre, affidate alle Forze Nato. Nel caso specifico, dovette rendere sicura la zona destinata ad accogliere i rifugiati.
Da ricordare che, oltre ai carabinieri della Msu, erano presenti nell'Operazione Allied Harbour anche i carabinieri a disposizione del Comando della "Taurinense" e quelli a disposizione del Comando Afor. La Msu, nell'ambito dei compiti a lei attribuiti, garantì la sicurezza del territorio e quella dei trasporti dei profughi, anche in controesodo. Ebbe la delicata funzione di leadership dei convogli verso il Kosovo, organizzando tempestivamente delle pattuglie di copertura che dovevano essere fornite dalla Kfor (Kosovo Force, Forza per il Kosovo), come era stato concordato con Afor, ma che spesso mancarono all'ultimo momento.
La Msu ha sempre dimostrato una duttilità particolare nell'assolvimento dei compiti previsti, anche quando occorreva uscire dagli schemi tradizionali operativi per adattarsi alle esigenze del momento, fornendo la necessaria sicurezza sia alle persone, sia nell'area di competenza. Il compito di condurre i rifugiati nel loro Paese di origine consentì agli uomini della Unità di stabilire contatti con gli Uffici dell'Alto Commissario per i Rifugiati, di conoscere il territorio kosovaro, e in particolare di perlustrare e meglio documentare le maggiori vie di comunicazione stradali e ferroviarie tra l'Albania e il Kosovo, già individuate dalla Kfor.
Per esemplificare, operativamente bonificò percorsi garantendo diversi livelli di sicurezza per i convogli dei rimpatriandi; provvide ad ispezioni preventive e servizi sui treni, pattugliando anche le rotabili che costeggiavano la sede ferroviaria; a Kukes dislocò due squadre di paracadutisti ed elementi del Modulo di manovra, per collegarsi con le altre Forze operanti e per sviluppare quella attività informativa necessaria a conoscere la situazione del territorio; inviò anche una aliquota di collegamento e pronto impiego a Mjede, località dove sarebbero stati concentrati i rifugiati registrati, suddivisi per destinazione; a Durazzo predispose una forza di pronto impiego per garantire la sostituzione al personale che veniva impegnato in turni molto duri con lunghe permanenze fuori dalla sede.
A luglio 1999 il controesodo dei kosovari era stato immane come la loro fuga: Afor aveva favorito le operazioni di rientro. Progressivamente si era ridotta da 7.900 unità a circa 1.100 nel periodo giugno-ottobre, ma persisteva la necessità di tenere la Msu in piena attività. Completato il piano di rimpatrio dei profughi per ottobre, alla Afor rimasero residuali compiti umanitari, in quanto circa 35.000 kosovari non erano rientrati nella loro terra di origine. Occorreva ancora fare delle operazioni a supporto della Kfor, soprattutto per quanto riguardava le linee di comunicazione, nella previsione che le forze di Afor si sarebbero dovute integrare in quelle di Kfor e con questo stabilire un Quartier Generale multinazionale per il necessario Controllo e Comando in Albania. A questo Quartier Generale fu dato il nome di Zona Occidentale [militare] di Comunicazione (Commz-W, Communication Zone West).

Nell'agosto del 1999 iniziò la previsione del ripiegamento della Msu: rimase in Albania il Plotone di Polizia Militare del Comando Afor. Anche la Kfor sembrava avesse terminato quasi completamente la sua missione e quindi ne se preparava un ridimensionamento per il mese di ottobre. Da ricordare che in realtà i rifugiati erano competenza delle Nazioni Unite e che l'Alto Commissario per i Rifugiati era l'autorità che doveva provvedere al rimpatrio degli stessi: la Nato con la Afor forniva le forze per poter attuare i piani relativi, che erano iniziati il 1° luglio 1999, secondo le decisioni dell'Alto Commissario. Gli interessi della Nato si venivano concentrando in Kosovo, ma, per tenere stabile uno dei fianchi di quello Stato, occorreva comunque avere una forza sia pur ridotta in Albania.
L'Operazione Allied Harbour terminò nell'ottobre 1999, ma non terminò, e non è ancora terminata, la presenza delle truppe dei Paesi Nato in Albania.