La convocazione nell'isola di un Distaccamento di Carabinieri di rinforzo, inviata nel novembre 1897 dal Ministro della Guerra al Comandante Generale dell'Arma. Il 12 gennaio 1899 il Ministero della Guerra chiese al Comando Generale dell'Arma l'invio a Creta di 12 unità, tra brigadieri e vicebrigadieri, per poter procedere all'impianto di nuove stazioni nel settore italiano. Intanto il capitano Craveri aveva terminato i suoi studi preliminari per l'organizzazione della Gendarmeria cretese e li aveva presentati alle autorità locali. Nel mese di marzo, a seguito di una richiesta diretta del principe Giorgio di Grecia, che era stato nominato Alto Commissario dell'Isola, il Ministero della Guerra decise di portare a 5 i tenenti (col grado di capitano) da assegnarsi alla Gendarmeria cretese; a 12 i marescialli (col grado di tenente); a 51 i brigadieri e i vicebrigadieri. Questo nuovo contingente partì il 12 maggio alla volta di Creta. A giugno il Ministero della Guerra richiese e ottenne l'invio a Candia di altri 18 graduati dell'Arma.
Nell'aprile del 1899 il Comandante del Distaccamento annunciò la costituzione di un Corpo di agenti di Polizia, nel settore di competenza italiano, con la provvisoria denominazione di guardie civili cretesi, per poi cambiarla in quella di gendarmi quando fosse stata ufficialmente costituita la Gendarmeria cretese. In ogni settore (italiano, russo, inglese e francese) doveva istituirsi la Guardia civica, la quale poi avrebbe formato la prevista Gendarmeria, Corpo unico con unica uniforme sotto un unico comandante. Il 1° luglio il capitano Craveri informava le autorità italiane che dal 26 giugno precedente aveva assunto il comando della Gendarmeria dell'isola, tranne che all'interno della città di Rétimo, occupata dalla Gendarmeria russa, la quale tendeva a mantenere una sua autonomia di comando. Successivamente però, in seguito ad accordi internazionali, anche questa città passava sotto il comando della Gendarmeria cretese e quindi alle dirette dipendenze del Craveri.

La Canea, 1899: un plotone di allievi gendarmi cretesi, durante un'esercitazione. Il 12 luglio il Comando Generale dell'Arma trasmise al Ministero della Guerra uno schema delle norme per determinare la posizione dei carabinieri italiani a Creta di fronte alle leggi e alle disposizioni disciplinari comuni agli altri militari del Regio Esercito: si andava in questo modo formando l'insieme delle disposizioni delle Missioni all'estero, soprattutto in caso di attività prestata non alle dirette dipendenze del Comando Generale, sia pure in via gerarchica, e remunerata a volte da enti stranieri. Si può storicamente affermare che l'azione dei Carabinieri Reali italiani a Creta ebbe un completo sviluppo a partire da quando, nei primi mesi del 1899, tutti i militari stranieri che avevano preso parte alla Gendarmeria cosiddetta internazionale di settore lasciarono l'isola e il Craveri poté concretamente iniziare il suo compito di organizzatore. Con rapporti frequenti e circostanziati egli informava il Comando Generale delle varie fasi del lavoro svolto.
La nuova Gendarmeria cretese fu organizzata su cinque Compagnie al comando dei tenenti, con due sedi a La Canea, una a Candia, una a Rétimo e una a Mirabella. I sottufficiali italiani furono ripartiti nelle singole Compagnie: il comando delle Sezioni venne affidato ai marescialli d'alloggio. Per il reclutamento degli allievi gendarmi locali la scelta fu fatta cadere su quegli elementi «considerati migliori per robustezza fisica e per qualità morali». Allo scopo di avere dei buoni sottufficiali indigeni Comandanti di Stazione, fu istituita a La Canea, presso la sede del Comando, la Scuola per allievi sergenti, che doveva essere frequentata da tutti i sergenti i quali, fino a quel momento, non avevano seguito alcun corso d'istruzione, nonché da caporali portati ad avanzamento al grado superiore. Anche i gendarmi che, per segnalati servizi resi, per condotta e non comune istruzione, davano affidamento di buona riuscita potevano essere ammessi a frequentare la Scuola, dopo aver conseguito la promozione a caporale.
L'Istituto dette ben presto lusinghieri risultati grazie all'interessamento del personale istruttore e allo zelo degli allievi. Cosicché nel marzo 1900 fu possibile iniziare il rimpatrio di alcuni sottufficiali italiani, ritenuti ormai superflui in seguito all'istruzione e alle promozioni del personale autoctono. Il primo corso di istruzione degli allievi sergenti era stato frequentato da 48 militari, cioè da sergenti che non avevano fatto alcun corso precedente, perché promossi al grado quando si trovavano alle dipendenze delle cessate Gendarmerie russa, inglese e francese; ai corsi successivi parteciparono elementi scelti dagli italiani con un particolare criterio selettivo. Modellati su quelli in uso per l'Arma dei Carabinieri Reali e per il Regio Esercito italiano, furono compilati i regolamenti vari occorrenti per la Gendarmeria cretese, la quale si avviò così al termine del periodo di sua costituzione grazie all'opera del capitano Craveri.
La formazione della Gendarmeria cretese iniziava a dare buoni frutti:
la disciplina non lasciava a desiderare, «sia per parte dei militari dell'Arma che per parte dei gendarmi cretesi, i quali» si mostravano «affezionati al servizio, dando prova di buona volontà e di zelo (...).
Il reclutamento degli allievi gendarmi» veniva fatto «con accuratezza (...). L'armamento e il vestiario» erano «completi, come pure» lo erano «gli oggetti di casermaggio occorrenti agli stessi».
Così scriveva lo stesso Craveri nell'ottobre del 1899, continuando in quel puntuale rapporto: «ciò premesso, essendo ben avviate le cose, non ritengo più indispensabile la mia presenza qui, e perciò potrei, senza danno per il completamento dell'organizzazione del Corpo, lasciarne il compito all'ufficiale che sarà destinato a rimpiazzarmi nel comando, cosa della quale, come da riserva fatta nel mio foglio n. 3383 del 1 settembre u.s., vado a parlare a S.A.R. il Principe Giorgio di Grecia a fine di poter essere libero verso la fine del corrente anno».

Craveri (in piedi, primo a sinistra) con alcuni membri del Corpo di Spedizione Internazionale a Creta (1897). Nell'ottobre del 1899 Craveri, dunque, ritenuta terminata la sua missione organizzativa, chiese di essere destinato nuovamente in Eritrea, che aveva lasciato per la sua missione a Creta, doverosamente chiedendone il permesso al principe Giorgio, che era formalmente il Capo della Gendarmeria.
Intanto nel corso di quello stesso anno il clima generale nell'isola era migliorato e si tornava ad una relativa normalità di governo: il principe Giorgio di Grecia aveva assunto per delega delle grandi potenze la funzione di Alto Commissario dell'Isola. Egli aveva senza difficoltà approvato il progetto di organizzazione della Gendarmeria e ne aveva confermato l'incarico al Craveri, da lui stesso nominato Comandante del nuovo Corpo. Venne anche eletta un'Assemblea costituente e formato un Governo cretese. Con questo avvio alla normalità, la presenza delle truppe straniere venne ulteriormente ridotta: così fu anche per quelle italiane, per le quali rimase solamente un battaglione e il nucleo di Carabinieri Reali, addetti appunto alla organizzazione della Gendarmeria cretese. Contemporaneamente all'avvio sostanziale dell'organizzazione della Gendarmeria, cessò l'amministrazione militare dell'isola.
Nel momento in cui il Craveri lasciò il comando, egli poteva informare le autorità italiane che «mercé lo zelo ed il tatto spiegato dai Signori Ufficiali (...) l'affiatamento fra le autorità e la gendarmeria poteva dirsi perfetto.
I gendarmi davano continue prove di disciplinatezza e di attaccamento al servizio. Ligi al proprio dovere e scrupolosi osservatori delle leggi e dei regolamenti, in breve lasso di tempo avevano saputo guadagnare la stima delle autorità e la benevolenza delle popolazioni». Aveva destato altresì ammirazione nel pubblico la Fanfara della Gendarmeria, che fu composta inizialmente da 11 trombettieri, istruiti con passione e dedizione dal carabiniere trombettiere Alfonso Di Maio.
Poco dopo fu deciso a Roma che, per normale avvicendamento, il conte capitano Balduino Caprini avrebbe sostituito Federico Craveri nel comando della Gendarmeria cretese.