Il Ministero della Guerra, nell'agosto del 1903, con grande pragmatismo decise che il non risoluto atteggiamento dell'Alto Commissario di fronte ai reclami di alcuni graduati cretesi contro il capitano Caprini aveva in qualche modo minato il prestigio del valente ufficiale quale quest'ultimo era. Inoltre, il non completo buon accordo esistente fra il francese colonnello Destelle, Comandante Superiore delle Truppe Internazionali, ancora presenti in Creta, e l'Alto Commissario rendeva assai delicata la situazione dell'ufficiale comandante la Gendarmeria il quale, come incaricato dell'ordine e della sicurezza, doveva essere agli ordini del principe Giorgio, ma, come ufficiale del Corpo d'Occupazione, doveva obbedienza al Comandante Superiore e, nel caso non impossibile di un conflitto, non avrebbe potuto esimersi dallo schierarsi con le potenze europee. Vi era anche il pericolo di attriti con i consoli, poiché vigevano in Creta le capitolazioni con le giurisdizioni consolari e conseguenti privilegi di extraterritorialità. Era invece ormai chiaro che le autorità locali si sforzavano di guadagnare terreno e di limare continuamente i diritti, e soprattutto le consuetudini, che si erano consolidati di anno in anno nel lungo periodo di applicazione degli accordi capitolari.

Quindi, per una lunga serie di ragioni di opportunità politica, era meglio predisporre un normale avvicendamento nel comando, per continuare con efficacia l'opera iniziata, tanto più che il Governo ottomano, in quel periodo, aveva nominato al Comando della Gendarmeria macedone il tenente generale Emilio De Giorgis, il quale richiedeva di avere a sua disposizione un ufficiale dell'Arma con vasta competenza nel settore. Il capitano Balduino Caprini, da tre anni al lavoro a Creta, dimostrava di aver maturato una sostanziosa esperienza e quindi poteva efficacemente affiancare l'opera del De Giorgis in un'impresa così importante.
Al momento in cui Caprini lasciò Creta, il 23 settembre del 1903, la Gendarmeria cretese era così organizzata: uno Stato Maggiore, 5 Compagnie, 5 Tenenze, 11 Sezioni e 99 Stazioni, con un organico complessivo di circa 1.095 militari di Gendarmeria indigena. Il personale dell'Arma era di 60 unità, così suddiviso: 5 marescialli maggiori per il Comando delle 5 Tenenze; 11 marescialli ordinari per il Comando delle 11 Sezioni; 3 marescialli ordinari per l'Ufficio del Comando; 7 brigadieri, i quali servivano nei vari Uffici del Comando; 5 brigadieri scrivani per gli Uffici di Compagnia (in totale 10); un brigadiere scrivano in ogni Comando di Tenenza, per coadiuvare il titolare (in totale 11); un brigadiere titolare per ogni Comando di Sezione, per coadiuvare il titolare (in totale 11); 4 brigadieri per il Comando delle più importanti Stazioni (e cioè: Canea principale; i Tribunali; Canea Porto; Aleppo); 2 brigadieri istruttori addetti per la Scuola allievi gendarmi; e, infine, un brigadiere a cavallo e un carabiniere a cavallo, per la sicurezza personale dell'Alto Commissario in Creta, Sua Altezza Reale il principe Giorgio di Grecia.
Ultimata la sua missione, Caprini fece un rapporto riassuntivo dei primi nove anni di presenza dei Carabinieri a Creta; analizzò il lavoro svolto, concludendo che molti fattori avevano garantito i soddisfacenti risultati fino ad allora conseguiti. Si dovevano: alla buona volontà delle ragioni politiche del popolo cretese e del principe Giorgio,

«(...) 2° alla autorità, quasi illimitata e senza discussione, che era stata lasciata al comandante della gendarmeria; 3° ai mezzi pecuniari che, senza condizione, furono forniti; 4° al funzionamento del Tribunale militare con procedura di guerra; 5° all'essere stata la gendarmeria formata con un solo elemento, essendosi di per sé e gradatamente eliminato quello turco; 6° all'essersi nella gendarmeria imperniata l'idea nazionale; 7° ai presidi internazionali pronti sempre ad intervenire contro un movimento insurrezionale o contro un pronunciamento; 8° dall'avere gli ufficiali e i sottufficiali in Creta mantenute complete le loro qualità e la loro indipendenza di fronte a S.A.R. e alle Autorità del luogo, che solo il Comandante della gendarmeria fu messo alla sola dipendenza di S.A.R., ma sempre nella sua qualità di capitano dell'Arma, mentre tutti gli altri ufficiali e sottufficiali dipesero esclusivamente dal capitano comandante la gendarmeria nella sua qualità di comandante del distaccamento dei carabinieri reali in Creta (...) poi alla dipendenza della Legione di Napoli e parte del corpo d'occupazione in Creta».

Parole che chiariscono il modo di pensare dell'ufficiale e il vigore con il quale prestò il suo servizio in missione.