Dal mare appare il carattere montuoso e inaccessibile dell’Isola. Montecristo è percorsa per tutta la sua superficie da lineamenti e fratture createsi durante le ultime fasi di raffreddamento del corpo magmatico intruso. Blocchi di granito oggi diffusamente solcati a causa dello scorrere delle acque ospitano una vegetazione mediterranea rada e discontinua, spesso relegata nei valloni vicino ai corsi d’acqua.

Cala Maestra deve il suo nome all’esposizione ai venti di Maestrale, che spirano da nord-ovest. Freschi e tesi, portano d’estate refrigerio e tempo limpido. In inverno, a volte, burrasca: i marosi allora irrompono sulla spiaggia bianca e grossolana che origina dai graniti. Il blu intenso e profondo domina la maggior parte delle insenature.

Cala Maestra, unico approdo dell’Isola, con tempo buono. Il piccolo molo è utilizzato dai militari dell’Arma per le attività di gestione della Riserva, monitoraggio e ricerca. Qui ogni quindici giorni si alterna una pattuglia in servizio di vigilanza, spesso accompagnata da operai forestali impegnati nei lavori di conservazione e ripristino di habitat o da ricercatori di Università ed enti di ricerca.

Al molo attracca anche l’imbarcazione che conduce i gruppi di visitatori annualmente autorizzati, non più di 2.000 l’anno, per le escursioni naturalistiche.

Montecristo ospita l'unica popolazione italiana di capra selvatica, un caso unico di sopravvivenza allo stato selvatico di individui introdotti al primo stadio di domesticazione in tempi anche molto remoti. Secondo le ultime stime la popolazione è composta da circa 300 capi.

La vegetazione è severamente condizionata dal pascolo delle capre che non consente il rinnovo, se non di alcune specie. Dell'originaria lecceta rimangono circa 200 alberi antichi e decrepiti, i cui semi sono costante preda delle capre. Per consentirne la rinnovazione alcuni di essi sono stati protetti con recinzioni. In altri recinti il Reparto Carabinieri Biodiversità di Follonica (GR) ha messo a dimora oltre 5.000 piantine di specie tipiche degli habitat prioritari

Sull’Isola sono state rinvenute tracce della frequentazione dell’uomo sin dal Neolitico. La presenza romana è testimoniata dal ritrovamento di frammenti di vasellame e di alcuni relitti sui fondali. Ha ospitato un’importante abbazia, fondata dai seguaci di San Mamiliano, che fu distrutta dalle incursioni saracene nel 1555. Ritornò quindi famosa per via del romanzo di Alexandre Dumas "Il Conte di Montecristo".

Dopo vari passaggi di proprietà, Montecristo nel 1852 fu acquistata dall’inglese Giorgio Greem che investì cospicue risorse con l’intento di avviarvi coltivazioni ed allevamenti. Infine, nel 1860, fu acquisita dal Demanio e trasformata in colonia penale. Nel 1889 venne concessa al Marchese Carlo Ginori, che restaurò la villa e fece dell'Isola una riserva di caccia particolarmente gradita a Vittorio Emanuele III. Durante la Seconda Guerra Mondiale Montecristo ospitò un presidio militare e rimase poi abbandonata e meta di vandalismi fino al 1949.