Il Comando Carabinieri per la Tutela dell'Ambiente è retto da un Generale di Brigata ed è organizzato in:
- una struttura centrale, con sede in Roma, articolata su un Ufficio Comando, un Reparto Operativo ed un Centro Elaborazione Dati;
- una struttura periferica composta da 29 Nuclei Operativi Ecologici (N.O.E.), riuniti sotto 3 "Gruppi CC TA", a competenza areale (Nord - Centro - Sud) e con sede rispettivamente a Treviso, Roma e Napoli, la cui caratteristica peculiare è quella di operare in piena osmosi con i Reparti delle Organizzazioni Territoriale e Speciale dell'Arma.
Il Reparto Operativo ed i tre Gruppi T.A. operano alle dirette dipendenze del Vice Comandante del Cdo T.A..
Il Reparto Operativo, con competenza su tutto il territorio nazionale, è deputato al coordinamento dei N.O.E. ed allo svolgimento delle indagini più complesse ed ha alle proprie dipendenze:
- una Sezione Operativa Centrale, che ha compiti essenzialmente investigativi in indagini di più ampio respiro riguardanti espressioni di criminalità ambientale particolarmente ampie o con risvolti internazionali;
- una Sezione Inquinamento da Sostanze Radioattive, orientata al contrasto di traffici illeciti di rifiuti e materiali radioattivi e dotata di complessi laboratori mobili di rilevamento;
- una Sezione Inquinamento Atmosferico, Industrie a rischio ed acqua rifiuti suoli, adibita al controllo di industrie sottoposte a speciale normativa.
- una Sezione Analisi, che ha compiti di gestione dei flussi informativi; monitoraggio e valutazioni previsionali sulla sicurezza dell'ambiente, indispensabili per ottimizzare l'impiego delle risorse; pianificazione e coordinamento dell'attività di controllo; definizione delle linee strategiche su cui far evolvere l'attività di contrasto all0illegalità ambientale.
In virtù delle competenze specifiche, il Reparto costituisce interlocutore specialistico per le Forze di Polizia a livello EUROPOL, sulla base delle direttive emanate dal Consiglio Generale per la Lotta alla Criminalità Organizzata (gennaio 1992), ed a livello INTERPOL, in una logica di collaborazione e di coordinamento che vede la sicurezza ambientale dimensionata sempre più chiaramente in un contesto sovranazionale.