A seguito del DPCM  23 febbraio 2016, attuativo del D. Lgs. 149/2015 recante "Disposizioni per la razionalizzazione e la semplificazione dell'attività ispettiva in materia di lavoro e legislazione sociale" (registrato alla Corte dei Conti il 9 giugno 2016), con decorrenza dal 1° gennaio 2017, il Reparto Speciale è stato così riconfigurato:

• elevazione del livello di Comando del Comandante da Ten. Col. a Colonnello;
• soppressione dell'incarico di Vice Comandante e della Sezione Analisi;
• costituzione di un Ufficio Comando, attribuito a Ten. Col., articolato in una "Sezione Segreteria e Personale" e una "Sezione Operazioni e Logistica";
• istituzione del  Gruppo Carabinieri per la Tutela del Lavoro di Venezia;
• rimodulazione degli organici del Comando.

Di conseguenza, dal Comando dipendono gerarchicamente 5 Gruppi Carabinieri per la Tutela del Lavoro con sedi a Venezia, Milano, Roma, Napoli (con competenza interregionale) e Palermo, così ripartiti:

• Gruppo di Venezia: Friuli Venezia Giulia, Veneto, Emilia Romagna e Marche;
• Gruppo di Milano: Valle d'Aosta, Piemonte, Liguria e Lombardia;
• Gruppo di Roma: Toscana, Umbria, Lazio, Abruzzo e Sardegna;
• Gruppo di Napoli: Campania, Molise, Puglia, Basilicata e Calabria;
• Gruppo di Palermo: Sicilia.

Dai predetti Gruppi dipendono – gerarchicamente – i Nuclei Carabinieri Ispettorato del Lavoro (N.I.L.) insistenti nei capoluoghi di provincia delle regioni di rispettiva competenza. Inoltre, presso i Gruppi sono costituiti i Nuclei Operativi con competenza macroareale.